Olá !!
Tirar passaporte para menores de idade, são necessários alguns trâmites mais. Sempre tanto pai quanto mãe tem que autorizar, independente se vivem em países diferentes. Existe um protocolo para cada tipo de situação, inclusive através da via judicial.

Em caso de dúvida sempre é melhor ir até o Consulado Brasileiro em Madrid e esclarecer tudo.
Hoje deixo aqui o link para a página do Consulado onde se pode agendar o horário para requisição do documento, esclarecer dúvidas e baixar o formulário ou os formulários para emissão do passaporte.
Passaporte brasileiro – clic aqui

Se informe bem antes de começar o processo para não perder tempo.
Um abraço !! .